膜清洗一般分為物理清洗和化學清洗。物理清洗包括曝氣清洗、水反洗和超聲波清洗；化學清洗為化學物質清洗，如使用次氯酸鈉和鹽酸等進行清洗。
1．物理清洗
物理清洗主要是依靠物理機械的沖刷及反沖洗使得膜表面和膜孔內的污染物脫落的過程。物理清洗所需設備簡單，但清洗效果有限，不能徹底清除膜污染，只能作為一種維護手段。
（1）曝氣清洗
曝氣清洗初期受有機物污染的膜之清洗是有效的。曝氣清洗是一種強化水流循環作用的物理清洗方法，曝氣會形成水和空氣的氣泡流體，氣泡尾流在膜表面產生剪切作用。氣泡尾流區的體積和氣泡的尺寸成正比，當氣液流動呈大氣泡流動時，較大氣泡產生的較大尾流區更有利于抑制膜污染的發展。
大量氣泡以較高速度穿過膜組件以及氣體夾帶的水流對膜表面的沖刷作用，使膜表面處于劇烈紊動狀態，避免了凝膠層的增厚和堵塞物質的積累，可延長膜清洗周期。同時這種紊動作用還從兩方面減緩了濃差極化現象，一是通過曝氣提高水流速度，使其處于紊流狀態，讓膜表面的高濃度與主流濃度更好地混合；二是對膜表面不斷進行清洗，消除已形成的凝膠層。
（2）水反洗
水反洗模式是保證浸沒式膜在各種運行條件下保持最佳透水性的最簡單的方法之一。反洗是指在膜出水口施加一個反沖洗壓力，將水流反向通過膜，使膜孔輕微膨脹，驅除黏附在膜絲表面的固體顆粒。水反沖洗結束后，膜系統一般需停歇一段時間，停歇控制是反洗的一個備用選擇。停歇模式下，停止產水，在此期間膜表面積累的固體顆粒將通過膜曝氣被帶走。
（3）超聲波清洗膜
超聲波清洗是利用超聲波在水中引起劇烈的紊流、氣穴和震動而達到去除膜污染的目的。研究表明，利用超聲波清洗膜也有一定的效果，尤其對于采用一般常規清洗方法難以達到要求及幾何形狀比較復雜的被清洗物，超聲波效果更為明顯。如附著生長型MBR的污染膜表面黏性較大，常規物理清洗效果差，采用超聲波清洗，能使膜通透性恢復約30％。
2．化學清洗
（1）化學清洗藥劑
化學清洗通常是根據膜的污染程度，用氧化劑（次氯酸鈉等）、酸（草酸、檸檬酸、鹽酸等）、堿（氫氧化鈉等）、絡合劑、表面活性劑、酶、洗滌劑等化學清洗劑對膜進行浸泡和清洗，是一種去除膜污染的相對最有效的方法。對于不同材質的膜，應選擇不同的化學清洗劑，并防止化學清洗劑對膜造成損壞。用低濃度的氧化劑可以對污染較輕的膜組件進行在線清洗；而對于污染嚴重的膜組件，需加入酸、堿或氧化劑浸泡清洗；堿性清洗液可以有效去除蛋白質污染，破壞凝膠層，使其從膜表面剝離下來；酸類清洗劑可以溶解并去除無機礦物質和鹽類，溶出結合在凝膠層和水垢層中的銅、鎂等無機金屬離子，將殘存的凝膠層和水垢層從膜表面徹底清洗以恢復其通透能力。如對于大分子物質等在膜表面形成的凝膠層，水反沖洗效果甚微，可用酸或堿液浸泡清洗污染膜。堿性條件下有機物、二氧化硅和生物污染物易被清除。
（2）在線化學清洗
在正常過濾過程以外，定期化學清洗對保持膜使用性能也是非常重要的。通過進行不同程度的定期清洗，減少系統恢復性清洗的頻率，讓膜能夠保持最佳的狀態。
在線化學清洗的原理是：在藥劑從膜的一端流向另一端的連續循環過程中，藥液在膜的內表面充分接觸，殺死并氧化滋生在膜面上的微生物，再使微生物殘體和溶液同時從膜內部排出。在線化學清洗的優點為：清洗較快，清洗時可以借助曝氣系統進行曝氣。
在線化學清洗分維護性清洗、恢復性清洗兩種方式。
①維護性清洗
維護性清洗方式持續時間較短，采用較低的化學藥品濃度，清洗頻率較高，目的在手保持裂的透水性和延長恢復性清洗周期。維護性清洗方式不能完全取代外恢復性清洗，面只能是延長恢復性清洗的周期，減小恢復性清洗次數。
維護性清洗通過人機界面設定，并按照24h由PLC自動啟動。操作時，可以選擇每天進行一格膜池膜的維護性清洗。當需要進行維護性清洗時，需要清洗的膜列將首先完成當前的產水周期再進行清洗，或膜列處于待機狀態就可直接開始維護性清洗。維護性清洗的過程是全自動的，并設定在清洗當天中的非高峰流量時段。
在空池下，也可以進行維護性清洗。空池方式具有以下特點：操作人員設定頻率后可全自動進行：膜池排空；要求較低的藥品濃度。與反洗程序類似，維護性清洗的頻率和持續時間可以根據運行條件和污泥特性的變化來進行優化
②恢復性清洗
清洗持續時間較長、采用化學藥品濃度較高，清洗頻率較低，目的在于恢復膜的透水性。恢復性清洗是當產水過程中透膜壓差達到最大預計值時啟動的。
恢復性清洗用于在膜污堵后恢復膜的透水性。恢復性清洗應該在膜通量下降到50％以下時啟動。恢復性清洗過程包括與維護性清洗類似的加藥反洗，然后是化學浸泡過程。恢復性清洗的主要特點是：
啟動后自動進行：
注同時清洗一格膜池中的所有膜箱；
3.要求適合的化學藥品濃度。
當清洗結束后，如果需要額外的中和，則清洗藥液需轉移到化學清洗池，用亞硫酸氫鈉和氫氧化鈉中和。中和方式采用化學清洗泵做內循環，在線加藥中和。可以采用余氯儀、pH儀指示中和過程是否完成。
對于較大的項目，一般需要設置恢復性清洗池，采用吊車將需要清洗膜組件吊往清洗池，再采用一定濃度的藥液浸泡處理。
