生物濾池的最大優點是構造簡單、操作容易,而且能經受有毒廢水或有機負荷的沖擊。這是因為廢水在生物濾池內的停留時間較短,即使表面的微生物可能被殺死而被脫落去除,又可以露出一層未被傷害的生物體。如果有毒廢水或有機負荷的沖擊持續時間較長,或有毒物質被吸附在生物膜上,生物濾池的處理效果將會受到嚴重影響。
因為微生物附著生長在濾料固定的表面上,無法隨著環境的變化而改變反應器內的生物量,因此也就沒有有效的方法控制出水的水質。因此,如果進水的濃度或流量增加,即進水的有機負荷或水力負荷增加,出水水質也將隨之惡化;進水溫度下降或環境溫度下降,基質的去除速率也將下降。
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